中心主任由学校直接任命，全面主持中心的实验教学和实验室管理工作。1 名副主任协助主任负责中心日常事务，并分管实验教学、实验室管理、对外交流。

中心主任主要负责组织学院各专业及学校相关专业的化学实验教学内容与教学大纲的审订、修改工作；负责化学实验教学中心的建设工作；负责日常管理、实验经费的管理和使用、实验室建设项目立项、实验教学改革、实验教材建设和实验室队伍建设、专职和兼职教师的聘任，以及制订和实施中心发展的近期和中长期规划；负责上级安排的事务。